Ngày 12 tháng 2 năm 1502, một lần nữa da Gama cùng hạm đội tàu chiến 20 chiếc khởi hành. Pedro Álvares Cabral đã được phái đến Ấn Độ hai năm trước đó và phát hiện ra rằng những người Bồ Đào Nha được Vasco Da Gama gửi lại đã bị giết chết, bản thân Cabral cũng bị tấn công và ông ta phải bắn phá Calicut trước khi khởi hành tới Cochin, một vương quốc nhỏ đã đón tiến Cabral rất nồng hậu.

Khi quay trở về vào tháng 9 năm 1503, da Gama được trao thêm quyền quản lý cả Vidigueira và Vila dos Frades.